目前，憩室炎的发病机制虽然不完全明确，但是厌氧菌（包括拟杆菌属，消化链球菌属、梭状芽孢杆菌和梭形杆菌属）都是最常见的分离出的病原体。也可经常培养出革兰阴性需氧菌，特别是大肠杆菌和兼性革兰阳性菌如链球菌。而很少在憩室炎病人中分离出肠道病毒。